Desde la primeras transcripciones musicales a finales del siglo XIX, la transcripción de la polifonía del Calixtinus ha sido difícil y polémica. Ello es debido a que la polifonía está en notación lorena, que era la usada en el norte de Francia para el canto monódico gregoriano, por lo cuál no expresa ningún valor rítmico particular, sólo el ritmo libre del canto gregoriano. Pero por otra parte, la polifonía tenía que tener forzosamente un ritmo determinado que permitiera a las dos voces (3 en el Congaudeant catholici) cantar juntas de forma armónica.
La primera transcripción en notación musical moderna fue realizada, en 1882, por el cantor de las Monasterio de las Descalzas Reales (Madrid), José Flores Laguna, quién transcribió los himnos Dum Paterfamilias y Ad honorem Regis summi. En la fiesta de Santiago del 25 de julio del mismo año, se cantaron ambos himnos en la Catedral de Santiago, por primera vez desde los tiempos medievales. Ya esta primera transcripción provocó una intensa polémica qué duró más de 20 años, en cuanto a la línea melódica y sobre todo en cuanto al ritmo, en la que intervinieron entre otros, Francisco Asenjo Barbieri. Después, el monje benedictino de la Abadía de Solesmes, Joseph Pothier, hizo una nueva transcripción del Dum Paterfamilias, según el sistema rítmico de Solesmes, como era de esperar.
En 1924, el musicólogo Friedrich Ludwig realizó las primeras transcripciones de obras polifónicas del Calixtinus, transcribiendo varios organa en varios sistemas rítmicos. En 1931, Peter Wagner, profesor de la Universidad de Friburgo (Suiza), realiza la primera transcripción completa de todas las obras musicales del Calixtinus y en 1944, por encargo del Instituto de Estudios Gallegos, el monje benedictino del Monasterio de Silos, Germán Prado, realiza otra transcripción completa acompañándola de un facsímil con los folios del manuscrito que contienen música. Ambas transcripciones, la de Wagner y la de Prado se realizan siguiendo el sistema gregoriano de Solesmes, transcribiendo en notación cuadrada los neumas originales del códice, sin plantearse problemas rítmicos o interpretativos.
A partir de 1950, surgen numerosos estudios que proponen nuevos sistemas de transcripción, entre los que destacan los de Willi Apel, Walther Krüger, Johann Schubert, Bruno Stäblein, Theodore Karp, Heinrich Husmann, Paul Helmer, Hendrik van der Werf, etc. Entre los musicólogos españoles, destacan las trancripciones de la polifonía de Higinio Anglés, publicada en 1962 y de José López-Calo, en 1981