El Codex Calixtinus fue copiado por al menos cuatro manos, dos de ellas muy similares. Al autor principal se le conoce con el nombre de Scriptor I.
El manuscrito original constaba de 27 cuadernos: el primero era un quinión y el resto eran cuaterniones. Ya en época antigua se produjeron cambios en algunos cuadernos que alteraron la estructura del códice. Después, hacia el siglo XV se perdió el folio 220, que originariamente iría en blanco y pertenecería al último cuaderno. También debió perderse un folio, así mismo en blanco, que antecedía al actual folio 1. De ser esto cierto, el manuscrito llevaba, como era usual, el primer y el último folio en blanco sirviendo como guardas.
Posteriormente, quizás durante la encuadernación realizada a finales del siglo XII, se añadió a la estructura primitiva del códice un segundo apéndice (Apéndice II).
El libro IV fue separado del manuscrito en 1609, lo que conllevó el maltrato de los cuadernos 20, 21 y 24. Ambos volúmenes fueron encuadernados por separado por Alonso Rodríguez León. Finalmente, el libro IV fue agregado de nuevo durante la restauración de 1966, lo que exigió varios arreglos al manuscrito. En la misma restauración se recortaron las hojas que eran más grandes y sobresalían del resto.
Las anotaciones marginales que los canónigos de Compostela dejaron en el manuscrito, demuestran que el códice fue usado y leído ininterrumpidamente, al menos, hasta mediados del siglo XVI. Sin embargo, parece que a principios del siglo XVII el manuscrito dejó de interesar, cayendo en el olvido durante muchos años.
En la segunda mitad del siglo XIX, el manuscrito fue redescubierto por el canónigo archivero de la Catedral de Compostela, Antonio López Ferreiro. Sin embargo, fue dado a conocer públicamente por el jesuita Fidel Fita y Aureliano Fernández Guerra. En 1879, se trasladaron a Santiago en un viaje de estudio y peregrinación. Al año siguiente, en 1880, publicaron un libro acerca de su viaje a Santiago (Recuerdos de un viaje a Santiago de Galicia), dedicando los capítulos X y posteriores a la descripción y estudio del Codex calixtinus. El libro incluía una fotografía del himno Dum Paterfamilias y una transcripción de su texto, así como varios versos del himno Ad honorem Regis summi.