Características generales
Las 22 obras polifónicas del Calixtinus pertenecen a la primera etapa de la polifonía europea, periodo conocido con el nombre de ars antiqua. Durante muchos años se relacionaron con las composiciones pertenecientes a la Escuela de San Marcial de Limoges. Sin embargo, las composiciones del Calixtinus son más elaboradas que en el repertorio de Saint Martial, considerándose hoy en día emparentadas con los experimentos que se estaban desarrollando en París, en la nueva Catedral Notre Dame, durante los años 1165-1180 y que culminarían poco después con las composiciones de la llamada Escuela de Notre Dame de París.
Todas las piezas son a dos voces, excepto el Congaudeant catholici que es a tres. Las formas musicales representadas son las típicas del ars antiqua:

• el conductus: aparece principalmente en los tropos del Benedicamus Domino, de los kyries y de otras piezas litúrgicas como prosas, secuencias, etc. Los conducti de Benedicamus son los más numerosos. La voz principal es el tropo de la pieza polifónica, mientras que la voz organal es una melodía más o menos adornada en el registro agudo. Estos tropos polifónicos a veces tienen forma responsorial, incluyendo después de cada estrofa un breve estribillo, como ocurre con el Congaudeant catholici.
• el organum: aparece en ciertas piezas litúrgicas como responsorios, graduales, aleluyas y Benedicamus. Generalmente consiste en una melodía gregoriana monódica (voz principal), a la que, en un momento dado, se añade una segunda voz (voz organal) que desarrolla una melodía larga y adornada. Esta segunda voz puede estar al principio, en medio o hacia el final de la composición, pero generalmente termina con la melodía monódica. Comparados con los organa de la Escuela de Notre Dame de París, que aparecerían poco después, son más sencillos y condensados, sin llegar a desfigurar la voz principal. La voz organal no es tan melismática como los organa de la escuela parisina.

Hay también algunas piezas, como el Kyrie Cunctipotens Genitor, cuya forma es intermedia entre el conductus y el organum: tienen un tropo como voz principal, como en un conductus, y la voz organal desarrolla largos melismas, como en un organum.
El Codex Calixtinus es el primer manuscrito (junto con el ms. Londres, British Library, Egerton 2615, procedente de Beauvais) en utilizar el término "conductus" para una composición musical. Además, exceptuando algunas composiciones que se encuentran en algunos monasterios catalanes, contiene las piezas polifónicas más antiguas que se han conservado en la península Ibérica.
El himno "Congaudeant catholici", que es la única obra conocida para 3 voces en todo el siglo XII, se cree que fue compuesto originalmente para 2 voces (superior e inferior) y posteriormente se insertó una tercera voz entre las dos. Esta hipótesis se basa en el hecho de que la voz intermedia fue copiada en tinta roja en vez de en tinta negra como en el resto del manuscrito y además se copió en el tetragrama de la voz inferior. El mismo copista que copió esta voz, también añadió una segunda voz en tinta roja a dos conductus del suplemento gregoriano del Libro I: "Iacobe sancte tuum" (f. 131) y "In hac die laudes cum gaudio" (f. 131v). La primera de estas dos piezas aparece repetida en el apéndice polifónico (f. 215v). Existen además, otras 7 composiciones en el Libro I a una sola voz que aparecen de nuevo en el apéndice polifónico a dos voces, aunque en varios casos la concordancia es solo parcial: "Dum esset salvator in monte" (f. 107v, 216v), "Huic Iacobo" (f. 109v, 217), "Iacobe virginei" (f. 110, 217), "O adiutor omnium seculorum" (f. 110v, 217-217v), "Misit Herodes" (f. 118v, 218) y "Alleluia. Vocavit Ihesus Iacobum" (f. 119, 218v), "Regi perennis glorie" (f. 139, 216).