El Rey tiene resuelto establecer en la Nueva Población de San Carlos un Museo de Marina que, a más de la biblioteca general, reúna todas las ciencias naturales que son necesarias para la completa instrucción del Cuerpo de la Armada, y consiguiente utilidad en ella.
Para su ejecución ha determinado S.M. que se destinen desde luego en la Tesorería de Cádiz cien mil reales de la consignación de cada Departamento, comprendiéndolos en los presupuestos del año próximo; y que, sin perjuicio de ello, se pidan además otros tantos para el mismo; practicando lo propio en lo sucesivo y teniendo siempre con separación este caudal para emplearlo únicamente en el expresado objeto; y de orden de S.M. lo comunico a V.E. para su inteligencia y gobierno de esa Junta; en el concepto de que doy el correspondiente aviso a las de Cádiz y Cartagena.
Con ese objeto, el capitán de navío Josef de Mendoza y Ríos fue comisionado a Francia y Gran Bretaña para comprar libros, mapas y otros materiales para la biblioteca, y los tenientes de navío Martín Fernández de Navarrete, José de Vargas Ponce y Juan Sanz y de Barutell, enviados a distintos archivos españoles para copiar todos los manuscritos referentes a asuntos de Marina, mientras se empezaba la recogida de materiales para formar las colecciones del proyectado Museo.
La sustitución de Valdés al frente del Ministerio, la de José de Mazarredo en la Dirección General de la Armada y los acontecimientos políticos y militares por los que atravesó España en el primer tercio del siglo XIX, imposibilitaron la realización del proyecto. El material destinado a la biblioteca pasó a formar parte de la del Depósito Hidrográfico y los instrumentos científicos, que ya estaban en Cádiz, pasaron al Real Instituto y Observatorio de la Armada.Para su ejecución ha determinado S.M. que se destinen desde luego en la Tesorería de Cádiz cien mil reales de la consignación de cada Departamento, comprendiéndolos en los presupuestos del año próximo; y que, sin perjuicio de ello, se pidan además otros tantos para el mismo; practicando lo propio en lo sucesivo y teniendo siempre con separación este caudal para emplearlo únicamente en el expresado objeto; y de orden de S.M. lo comunico a V.E. para su inteligencia y gobierno de esa Junta; en el concepto de que doy el correspondiente aviso a las de Cádiz y Cartagena.
Con ese objeto, el capitán de navío Josef de Mendoza y Ríos fue comisionado a Francia y Gran Bretaña para comprar libros, mapas y otros materiales para la biblioteca, y los tenientes de navío Martín Fernández de Navarrete, José de Vargas Ponce y Juan Sanz y de Barutell, enviados a distintos archivos españoles para copiar todos los manuscritos referentes a asuntos de Marina, mientras se empezaba la recogida de materiales para formar las colecciones del proyectado Museo.
Este memorial fue informado favorablemente por Fernández de Navarrete, a la sazón Director del Depósito Hidrográfico, abandonando sin embargo la idea enciclopedista del siglo anterior de incluir una biblioteca de Marina, pues este aspecto lo cubría ya la del Depósito Hidrográfico.
El Museo Naval fue inaugurado provisionalmente el 19 de noviembre de 1843 por la reina Isabel II de España, en el Casa o Palacio de los Consejos, en la calle Mayor de Madrid, actualmente sede de la Región Militar Centro.
Ante el incremento de los fondos, a comienzos de 1845 se trasladaron las colecciones a un nuevo local, la Casa del Platero, situada en la calle Bailén, entre el Palacio Real y la desaparecida Iglesia de Santa María de la Almudena. A causa de riesgo inminente de derrumbamiento del edificio, en 1853 se trasladó el Museo al Palacio de los Ministros, antigua casa de Godoy hasta 1807, junto al actual palacio del Senado, en la plaza de la Marina Española, reabriéndose al público el 27 de noviembre del citado año de 1853, con asistencia de la reina Isabel y los miembros del Gobierno.
En condiciones precarias, el Museo se reabrió de nuevo en octubre de 1932 en su sede actual del antiguo Ministerio de Marina, hoy Cuartel General de la Armada, ocupando el mismo lugar donde se haya hoy en día. El contralmirante Julio Guillén Tato, director desde 1933 a 1972, verdadero creador y alma del nuevo centro, le dio la forma y organización plasmadas en el catálogo-guía de 1934 que, con ligeras variaciones, se ha mantenido hasta 1993.
Las salas expositivas del Museo, ordenadas cronológicamente, contienen las colecciones de objetos históricos de muy diversa índole custodiados por la Armada y que van desde el siglo XV hasta la actualidad. Entre ellas sobresale el mapa de Juan de la Cosa, la representación del continente americano más antigua que se conserva.